.NETアプリでIPv6対応アプリを作成したい場合ですが
基本的にはApp.configでIPv6をEnableにするだけで利用できます
<configuration>
<system.net>
<settings>
<ipv6 enabled="true" />
</settings>
</system.net>
</configuration>
これで実行環境にIPv6スタックがインストールされていれば
自動的にIPv6通信が可能になります
もちろんアプリを作成する上でIPv4アドレスのみをチェックして受け付ける
といったようなロジックが入っているとうまくIPv6を使えないことがありますが...