Visual Studio.NET では定型のインストーラしか作成できませんが
こちらは XML でインストーラを定義することによって
かなり自由にインストーラを生成することが可能なようです
かわりに Windows Installer を相当知っていないとダメとのことですけど...
でも MSP まで作れるというのが魅力的ですな
http://sourceforge.net/projects/wix/
http://www.ailight.jp/blog/sha256/archive/2005/03/14/4950.aspx